Hans-Dieter Flick đã trở thành huấn luyện viên tạm quyền của Bayern Munich khi Kovač rời đi vào ngày 4 tháng 11 năm 2019. Và trong trận đấu đầu tiên của mình, Bayern đã đánh bại Olympiacos với tỷ số 2-0 ở vòng bảng UEFA Champions League vào ngày 6 tháng 11 năm 2019[^1^]. Kể từ đó, Flick đã trở thành huấn luyện viên chính thức của Bayern Munich với bản hợp đồng mới kéo dài đến năm 2023[^2^].
Mùa giải 2019-2020: Đẳng cấp “Hùm xám”
Mùa hè năm 2020, Bayern đã giành danh hiệu vô địch Bundesliga và Cúp quốc gia để hoàn thành cú đúp trong nước thứ 13 của câu lạc bộ và lọt vào bán kết UEFA Champions League sau khi hủy diệt FC Barcelona với tỷ số 8-2 ở tứ kết[^4^]. Họ tiếp tục thắng Olympique Lyon 3-0 ở bán kết để vào chung kết gặp Paris Saint Germain. Và tại trận chung kết ở Lisbon, Bồ Đào Nha, Bayern đã giành chiến thắng 1-0 với bàn thắng duy nhất của Kingsley Coman, trở thành đội bóng châu Âu thứ 2 sau Barcelona đạt được cú ăn ba 2 lần[^5^]. Sau một thời gian nghỉ ngơi, Bayern bắt đầu mùa giải mới 2020-21 bằng trận tranh Siêu cúp UEFA và đã đánh bại Sevilla 2-1 trong hiệp phụ, với Javi Martínez là người ghi bàn thắng quyết định[^6^]. Họ cũng giành chức vô địch FIFA Club World Cup 2020 vào tháng 2 năm 2021[^7^].
Mùa giải 2020-2021: Không bảo vệ thành công danh hiệu Champions League
Dù không thể bảo vệ thành công danh hiệu Champions League khi để PSG loại ở tứ kết, Bayern vẫn giành được chức vô địch Bundesliga thứ 9 liên tiếp[^8^]. Trong mùa giải này, Robert Lewandowski đã thiết lập kỷ lục mới về số bàn thắng trong một mùa giải Bundesliga với 41 lần lập công, vượt qua thành tích của Gerd Müller[^8^].
Mùa giải 2021-2022: Hướng đến sự thống trị tiếp theo
Vào ngày 27 tháng 4 năm 2021, Bayern thông báo Flick sẽ rời đội vào cuối mùa giải và Julian Nagelsmann từ RB Leipzig sẽ trở thành huấn luyện viên mới từ ngày 1 tháng 7[^9^]. Dưới sự dẫn dắt của Nagelsmann, Bayern đã hoàn tất chiến tích giành 10 chức vô địch Bundesliga liên tiếp và tiếp tục thi đấu ấn tượng trong trận Der Klassiker với chiến thắng 3-1[^10^]. Tuy nhiên, đội bóng đã bất ngờ để thua trước Villarreal ở tứ kết Champions League, dừng bước tại vòng đấu này năm thứ 2 liên tiếp[^10^]. Vào ngày 24 tháng 3 năm 2023, Bayern quyết định sa thải Nagelsmann[^11^].
Mùa giải 2022-2023: Sự trở lại của Thomas Tuchel
Sau khi sa thải Nagelsmann, Bayern thông báo bổ nhiệm Thomas Tuchel với bản hợp đồng đến ngày 30 tháng 6 năm 2025[^12^]. Dù không tiếp tục thành công ở Champions League và Cúp quốc gia Đức, Bayern vẫn giành chức vô địch Bundesliga lần thứ 11 liên tiếp[^13^]. Sau khi vô địch, Bayern cũng tiến hành một số thay đổi trong ban quản lý câu lạc bộ. Nhà cầm quân tài ba Oliver Kahn và giám đốc thể thao Hasan Salihamidzic đã bị sa thải[^13^].
Đến nay, Bayern Munich vẫn tiếp tục sự thống trị của mình trong bóng đá Đức và là đội bóng mạnh mẽ và đáng gờm trên sân cỏ châu Âu.
